Na przełomie wieków XIV i XV na miejscu wcześniej istniejącej świątyni wzniesiono nowy kościół. Nowo powstałą świątynię powierzono św. Janowi Chrzcicielowi i konsekrowano w 1538 roku. Wokół kościoła koncentrowało się życie religijne okolicznej ludności, przed jak i po powstaniu nowej świątyni działalność duszpasterską prowadzili zakonnicy benedyktyńscy z Mogilna. Sama parafia, a co za tym idzie, pierwszy kościół na tym miejscu powstał prawdopodobnie w 1163/1165 roku.
Powodzie, dobudowy i rozbudowy
Opisywany kościół św. Jana jak to zwykle bywa przechodził remonty i upadki, a raczej podtopienia. Z racji swojego położenia nad Wisłą był on wielokrotnie podtapiany przez jej wody. Stan ten zmienił się dopiero XIX wieku, kiedy to powstały bulwary wiślane. Dwie z takich powodzi upamiętniają wyryte na cegłach ścian daty.
Bryła świątyni zmieniała się z czasem dość znacznie. Rokiem 1565 od strony północnej dobudowano kaplicę pw. Jedenastu Tysięcy Dziewic, obecnie pw. Pięciu Ran Chrystusa i św. Zyty. Ufundował ją mieszczanin Wojciech Kattenberg Kokoszka, być może przez Jana Baptystę Wenecjanina. Piętnaście lat później, czyli w 1580 roku kościół otrzymał dobudowaną od strony zachodniej wieże, wraz ze znajdującą się pod nią kruchtą. W roku 1622 prezbiterium powiększono o półkolistą absydę, a w 1635 roku od strony południowej staraniem archidiakona Sebastiana Grotkowskiego dobudowano kaplicę pw. Aniołów Stróżów, obecnie pw. Matki Boskiej Szkaplerznej. Wieżę podwyższył i przebudował w 1768 roku ks. Wojciech Wierszucki, wtedy też otrzymała obecny barokowy hełm. W 1780 roku na środku dachu dobudowano niewielką wieżyczkę. W XVII w. kościół przechodził restaurację z inicjatywy ks. Tomasza Wojtowicza. W latach 1844-46 staraniem ks. Szymona Nowakowskiego kolejna restauracja. Od tego czasu wygląd świątyni nie zmieniał się znacznie.
Niepocieszeni biskupi
Jak już wspominałem na wstępie, działalność duszpasterską prowadzili w tym kościele zakonnicy benedyktyńscy. Zapewne początkowo prowadzili też parafię. Później kiedy diecezjalni księża podjęli już pracę, mnisi zachowali prawo patronatu nad tym kościołem. Z tego też powodu włocławscy biskupi byli raczej niepocieszeni, że w ich biskupim mieście nie mają pełni władzy nad jednym kościołem. Dlatego też w roku 1315 zawarli oni układ z benedyktynami, na mocy tego układu przejęli oni prawo do obsadzania parafii. Wyżej wspomnieni biskupi parafii pozbyli się w XV wieku, przekazując ją opactwu mogileńskiemu. Do wikariuszy mogileńskich należała ona do 1618 roku.
Początkowo urząd proboszcza sprawowali wikariusze katedralni na przemiennie, zmieniali się co roku. Jednak biskup Hieronim Rozrażewski w 1593 roku stwierdził, że taka forma pracy nie ma większego sensu. Zarządził, aby proboszcz mianowany był już na stałe.
